W 1998 roku, podczas ekspedycji Johana Reinharda i Antonio Chaveza do wnętrza krateru na wysokości około 100 m poniżej szczytu, natrafiono na dwa zbiorowe grobowce. Groby były otoczone kamiennymi kręgami i wypełnione bogatym wyposażeniem rytualnym. Wraz z pochókami znaleziono 47 metalowych figurek (ze złota, srebra, miedzi), muszlami Spondylus, naczyniami ceramicznymi i drewnianymi oraz artefaktami z kości i kamienia. Ze względu na bardzo trudne warunki panujące wewnątrz krateru (wysoka temperatura dzięki aktywności wulkanicznej, kwaśne gleby) szczątki i tekstylia uległy znacznej degradacji. Badacze podjęli decyzję o wydobyciu ciał w zamrożonych blokach gruntu, które następnie przeniesiono do Museo Santuarios Andinos w Arequipie, gdzie poddano je badaniom bioarcheologicznym w 2018 r przez dr Dagmarę Socha.

Analiza szczątków z Misti, ujawniła, że złożono tam w ofierze co najmniej osiem osób. Analizy wykazały, że jeden z pochówków zawierał szczątki dzieci płci męskiej, drugi – żeńskiej, jednak prawdopodobne określenie płci było możliwe dopiero dzięki artefaktom grobowym, ze względu na wiek badanych osobników. Szacowany wiek ofiar obejmuje dzieci w wieku od 6 do 13 lat. Deformacja kości udowych osobnika Misti 1 mogła być związana z jego rolą w systemie wierzeń. Deformacja musiała wystąpić we wczesnym dzieciństwie lub być wrodzona. Według niektórych kronik hiszpańskich, osoby uderzone piorunem lub mające jakiś rodzaj wad genetycznych były wybierane na kapłanów boga Illapa.

Na wulkanie Ampato zlokalizowano dwa miejsca pochówku na wysokościach 5800 m n.p.m. i 6300 m n.p.m. Stopień zachowania szczątków organicznych był zróżnicowany, co wynikało z odmiennych warunków naturalnych panujących w tych dwóch lokalizacjach. Szczyt Ampato (6 288 m npm.) znajdował się pod grubą pokrywą czapy lodowej. Erupcje sąsiadującego z nim wulkany Sabancaya w 1990-1991 doprowadziły do topnienia czapy lodowców i w rezultacie skłoniło archeologów do podjęcia wyprawy. Sama nazwa Ampato pochodzi z języka quechua „hampattu” i oznacza ropuchę. Zarówno ropuchy jak i żaby były kojarzone w folklorze andyjskim z deszczem i czarami. W Imperium Inków szczyty górskie były utożsamiane z bóstwami odpowiedzialnymi za deszcz. Wiele lokalnych rzek w rejonie Arequipy zaczyna swój bieg od górskich lodowców.

Mumia Dama z Ampato została odkryta w trakcie ekspedycji zorganizowanej przez Johana Reinharda wspólnie z peruwiańskim przewodnikiem Miguelem Zarate we wrześniu 1995. Archeolodzy podczas wspinaczki na szczyt odkryli na stoku mumie. Jej grobowiec znajdował się kilkaset metrów powyżej na wysokości 6300 m npm. Uległ on zniszczeniu a zawartość usunęła się wzdłuż zbocza. Oprócz samej mumii archeolodzy odnaleźli również figurki wykonane ze złota, srebra i muszli Spondylusa, resztki kości lam, torebki z kukurydzą i potłuczone fragmenty naczyń. Przedmioty te stanowiły zapewne wyposażenie grobowe, które osunęło się wraz z mumią. Ze względu na warunki panujące na szczycie uległa naturalnej mumifikacji poprzez zamarznięcie. Dzięki przeprowadzony badaniom CT w 2022 możliwa była rekonstrukcja stanu zdrowia dziewczynki oraz procesów tafonomicznych. Mumia należała do dziewczynki zmarłej w wieku ok. 14-15 lat.

Na płaskowyżu na wysokości 5 800 m npm archeolodzy odkryli kolejne miejsce ceremonialne gdzie Inkowie złożyli w ofierze trójkę dzieci. Dwa pochówki zostały zniszczone przez uderzenia pioruna. Wiek dzieci oszacowano na około 6 do 10 lat.

Nazwa wulkanu pochodzi z języka keczua i oznacza „szczyt”. Podwójne użycie tego słowa podkreśla, że ​​wulkan ma kilka wiezchołków. Na szczycie Inkowie wznieśli owalną platformę z rampą. Johan Reinhard i José Antonio Chávez poprowadzili pięć kolejnych wypraw na Pichu Pichu w latach 1989–1996. Wykopaliska na głównej platformie odbyły się w 1996 roku. Zawalona rampa prowadziła na platformę. Podczas wykopalisk archeolodzy odkryli dwa pochówki; dziewczynki w wieku około 6 lat i i chłopca w wieku 3,5 roku.

W trakcie wykopalisk archeolodzy odkryli także ofiarę w skład której wchodziła srebrna figurka oraz uncu (tunika) dekorowana dyskami ze srebra.

Ze względu na warunki panujące na szczycie Pichu Pichu, nie zachowały się szczątki organiczne. Dziewczynkę pochowano w pozycji siedzącej z nogami blisko klatki piersiowej. Na jej czole znaleziono złotą rurkę, która mogła być częścią nakrycia głowy, którego organiczne części uległy rozkładowi. Podczas czyszczenia szkieletu znaleziono dwie srebrne i jeden złotą szpilę tupu. Na zębach widoczna była linia związana z hipoplazją szkliwa. Tego typu zaburzenia wzrostu zębów związane są z stresem powodowanym niedożywieniem lub o podłożu kulturowym kiedy formuje się szkliwo zęba.

Jej czaszka została poddana celowej deformacji. Jest to praktyka kulturowa polegająca na intencjonalnym modelowaniu kształtu czaszki dziecka w okresie niemowlęcym, gdy kości czaszki są jeszcze miękkie i podatne na formowanie. Proces ten rozpoczynano zazwyczaj kilka dni po narodzinach i kontynuowano przez kilka miesięcy lub nawet lat, aż czaszka przyjęła pożądany kształt. Deformację uzyskiwano poprzez wiązanie głowy opaskami, bandażami lub przykładanie specjalnych deseczek, które wywierały stały nacisk z boków, z góry lub z tyłu głowy. Celem takiej praktyki było nie tylko nadanie głowie określonego, często wydłużonego lub spłaszczonego kształtu, ale także wyrażenie tożsamości kulturowej, statusu społecznego lub przynależności do określonej grupy. Tego typu deformacje były powszechne w wielu starożytnych kulturach, w tym wśród ludów andyjskich.